Annesi Gürcüdür. Kahinlere inanan babası Sultan Üçüncü Mustafa, onların yeni doğan oğlu Selim'in eşsiz bir cihangir olacağını söylemeleri üzerine, büyük bir sevince kapılmış, yedi gün yedi gece bayram yapılmasını emretmiştir.

Sultan Üçüncü Selim, doğum günündeki bu hava içinde büyüdü. Sarayda çok güzel bir şekilde yetiştirildi. Sultan Üçüncü Mustafa, kendisinden sonra oğlu Sultan Üçüncü Selim'in padişah olmasını istemişti. Ancak, babasından sonra padişahlığa amcası Sultan Birinci Abdülhamid getirildi. Sultan Birinci Abdülhamid, Sultan Üçüncü Selim'i sarayda göz önünde bulunduruyor, ancak yine de onun eğitimine önem veriyordu. Amcası Sultan Birinci Abdülhamid'in ölümü üzerine 7 Nisan 1789 günü 28 yaşındayken Osmanlı tahtına oturdu.

Sultan Üçüncü Selim edebiyata ve güzel yazı yazmaya çok meraklıydı. Yazmış olduğu hat ve levhalardan bazıları cami ve türbelere asılmıştır. Arapça ve Farsça dillerini çok iyi konuşuyordu. Çok merhametli bir insan olan Sultan Üçüncü Selim dinine, vatanına ve milletine çok düşkündü. Ciddi bir eğitim görerek yetişti. İyi bir şair, tamburi neyzen ve hanende idi. Bestekar da olan Sultan Üçüncü Selim, güzel sanatlara düşkün, açık fikirli, ancak zaafa varacak kadar yumuşak karakterliydi. Osmanlı Devleti'nde batıcılığın yerleşmesini istiyordu.

Sultan Üçüncü Selim tahta çıktığı zaman halk ona büyük ümitler bağladı. Halk, genç hükümdarın Osmanlı imparatorluğu'nu o eski güçlü ve ihtişamlı devirlerine geri döndüreceğini düşünüyordu. Sultan Üçüncü Selim, 29 Mayıs 1807 tarihinde Osmanlı padişahlığını Şehzade Mustafa'ya terk ettikten sonra 1 yıl 2 ay daha yaşadı. Alemdar Mustafa Paşa Olayı sırasında, yeni padişahın adamları tarafından 28 Temmuz 1808 tarihinde öldürüldü. Cenazesi, Laleli Camii avlusunda, babası Sultan Üçüncü Mustafa'nın yanına defnedildi.